Le trident de Poseïdon est l'emblème de la 3e compagnie, spécialisée dans les techniques de mises en place dans le domaine amphibie, et tout spécialement dans la reconnaissance et la conquête des plages.

La compagnie "amphibie" comprend 5 officiers, 23 sous-officiers et 123 légionnaires. Avant d'être des spécialistes du "Zodiac" et du "palmage" les hommes de la 3e Compagnie sont avant tout des fantassins-d'élite. L'unité, comme ses consoeurs, se décompose en trois sections de combat et une section d'appui. Pour ses activités amphibies, ses éléments organiques peuvent se transformer respectivement en section de nageurs de reconnaissance, en section de motoristes en charge de transfert maritime ou en section de débarquement.

L'unité est bien sûr la "compagnie pilote" pour le régiment si celui ci est appelé à effectuer une opération amphibie. La formation amphibie se fait par phases et l'on distingue deux spécialités: nageur de recconaissance, utilisés pour les reconnaissances de plages et pilote-motoriste. De jour comme de nuit, ces légionnaires parachutistes pilotent les "Zodiac" de la compagnie. On compte quinze "Zodiac" d'entraînement et quinze canots pneumatiques de transport avec une capacité de 10 hommes. Ils sont dotés d'un moteur de 40 CV. Lors de l'exercice de synthèse terminant la formation, un tour de Corse en "Zodiac", ponctué d'approches et de raids, est effectué. La navigation au compas comme au GPS fait partie de la formation.
Une fois formés, les hommes de la 3e compagnie multiplient les exercices en milieu marin et une à deux fois par an font une maneuvre avec la marine nationale. Sauts en mer, "drops" à partir de "Super Frelon", plongeurs jetés dans l'action à partir de sous-marins ou raids "Zodiac" à partir des navires de surface de la "Royale" sont alors au programme.

Le niveau élémentaire dure treize semaines, le premier degré six semaines, et le deuxième se prépare sur un an.
Quelques membres de la compagnie sont également qualifiés (intervention offensive). Même si le régiment n'en est pas doté, ses hommes peuvent utiliser les systèmes de plongée "Oxygair".

Outre ses missions nautiques, la compagnie participe aux opérations extérieures: elle s'est distinguée au Tchad, à Djibouti lors de l'opération Godoria, en Somalie avec Restore Hope, en ex-Yougoslavie et récemment à Bangui lors de l'opération Alamandin 2.

Situé à quelques mètres du rivage, le centre amphibie du 2e REP attaché à la 3e compagnie est en charge de la formation des spécialistes amphibies du 2ème REP, ainsi que de l'entretien et du stockage des matériels propres à cette spécificité. Du centre nautique dépend également l'équipe PAT, dont la mission est de s'infiltrer discrètement à "la palme" ou en kayak afin de contrôler si une plage de débarquement est minée ou protégée par l'ennemi. Le cas échéant, les nageurs de reconnaissance élimineront "en douceur" toute opposition sur la dite plage afin de faciliter un raid "Zodiac" ou un débarquement.
Avec la motorisation du régiment s'est créée une section SAF (section d'aide au franchissement) dont la mission est d'assister les VAB lors du passage d'une coupure.
Les formations dispensées par le centre amphibie comportent trois niveaux

Le niveau 1 (bronze) dure 15 jours. Les légionnaires parachutistes, après avoir été pris par le centre, apprennent à piloter un "Zodiac" portant 6 hommes (moteur de 9 CV), 4 kilomètres en moins de 2 heures effectuent du "corps à corps" et les procédures tactiques de base propres aux aux opérations amphibies.

Le niveau 2 (argent) s'effectue au niveau de la section. On y apprend à piloter un "Zodiac" de 10 hommes (moteur de 40 CV). Le stage comprend une nage avec palmes de 8km en moins de 4 heures, ainsi qu'une formation "de corps à corps" pouvant être utile lors de "coups de mains", ainsi que de nombreuses tactiques permettant de mettre en oeuvre collectivement, les procédures propres aux opérations amphibies.

Le niveau 3 (or): ce stage est un condencé des deux précédents et le légionnaire parachutiste qui le réussit, sera à même d'effectuer toutes "missions" émanant du centre amphibie. On y apprend notament à naviguer en kayak.

Le "raid" Zodiac de la 3ème Cie est une infiltration discrete pour effectuer des "coups de main" sur une côte peu protégée

Ce type d'opération qui allie rapidité et surprise peut également contribuer a créer une "tête de pont amphibie" en protégeant les flancs des plages de débarquement, avant l'arrivée du 2ème REP

Les légionnaires regagnent une crique isolée, un lieu de ralliement, d'ou les hommes débarqueront pour accomplir leur mission

Le raid se fait généraleemnt de nuit en utilisant comme pate forme de lancement un sous marin ou un navire rapide et discret